Copia del verbale della riunione del comitato è trasmessa dal comandante territoriale al Ministero della difesa - Direzione generale dei lavori, del demanio e dei materiali del genio.
Ove dal verbale risulti che in seno al comitato non sia stata raggiunta l'unanimità e siano state formulate proposte alternative circa i programmi delle installazioni militari e delle conseguenti limitazioni oggetto delle consultazioni, i programmi stessi o le parti di essi oggetto delle proposte alternative sono sottoposti al Ministro della difesa per le definitive decisioni, unitamente al verbale della riunione del comitato e ad una relazione del direttore generale dei lavori, del demanio e dei materiali del genio.
Le definitive decisioni adottate dal Ministro della difesa sono comunicate al presidente della giunta regionale, al commissario del Governo, ai prefetti delle province interessate nonché all'autorità marittima competente nei casi di suo interesse.
Il termine di quindici giorni di cui al terzultimo comma dell'art. 3 della legge decorre dal giorno successivo a quello della pubblicazione o della comunicazione della decisione ministeriale.